・生産行程管理責任者（代表者）を決めます
・生産行程管理担当者(各生産者の生産を管理する)を決めます
・格付担当者を決めます
・業務規程(組織内での取り決め事項)をつくります
・日本農林規格で定められている生産基準に従って、生産管理方針を決めます
２ 申請書作成の準備をします
・申請ほ場と過去の栽培歴を申請用紙に記入します
・添付資料を用意します生産者が作成します
（ほ場地図、水系図、組織図など）
３ 申請書を作成します
・生産者から提出された書類等を確認します生産行程管理者が生産者の協力を得て作成します
・生産者から提出されたほ場をまとめます
・申請書を作成します
４ 認定機関へ申請します
（申請〜受付〜手数料の納入〜書類・実地検査〜判定）
５ 認定書の交付
有機ＪＡＳマークを付けて出荷できます
６ 認定後
・生産者は作業記録を付けます
・生産行程管理担当者は、生産行程の管理をします
・格付担当者は、管理記録を確認して格付をします
・内部検査を実施します
・認定機関が行う監査を毎年度受けます
・認定機関へ報告の義務があります（生産計画、格付出荷記録など）